Đầu thế kỷ XIX, các cuộc chiến của người Zulu đã đẩy lùi người Sotho về vùng thượng nguồn sông Orange. Thủ lĩnh Moshoeshoe đã tập hợp người Sotho trên lãnh thổ thuộc Lesotho hiện nay. Năm 1868, Moshoeshoe ký hiệp ước bảo hộ với nước Anh nhằm chống lại người Boer. Lãnh thổ Basutoland (đất của người Basuto hoặc Suto) bị sáp nhập vào thuộc địa Cape năm 1878 và trở thành xứ bảo hộ tự trị năm 1884.

Năm 1966, Basutholand trở thành vương quốc độc lập dưới quyền trị vì của vua Moshoeshoe II và đổi tên thành Lesotho.

Từ năm 1970, Thủ tướng Leabua Jonathan dần dần chiếm quyền, nhà vua phải lưu vong. Năm 1986, Jonathan bị tướng Lekhanya lật đổ. Năm 1991, Hội đồng Quân sự lật đổ tướng Lekhanya và thiết lập thể chế đa đảng. Năm 1993, đảng Đại hội của nhà lãnh đạo Ntsu Mokhehle thắng cử. Năm 1995, Quốc vương Moshoeshoe II trở lại ngôi vua. Năm 1996, Moshoeshoe II chết trong một tai nạn xe hơi. Con trai là Letsie III lên nối ngôi.

Mùa thu năm 1998, hàng trăm người biểu tình tụ tập trước cung điện nhà vua trong nhiều tuần lễ để phản đối việc gian lận bầu cử tháng 5 qua đó Thủ tướng Pakalitha Mosisili lên cầm quyền. Họ yêu cầu Chính phủ từ nhiệm và tổ chức cuộc bầu cử mới. Quân đội của Nam Phi và Botswana tiến vào lãnh thổ Lesotho chặn đứng đám đông nổi dậy và dập tắt cuộc nổi loạn của quân đội.

Hiện nay, Lesotho phải đương đầu với tỉ lệ người nhiễm HIV cao và những dự đoán cho rằng dân số quốc gia này sẽ sút giảm trong nhiều năm tới nếu xu hướng này cứ tiếp tục gia tăng. Trong cuộc bầu cử Quốc hội 2002, đảng Đại hội vì Dân chủ Lesotho đương quyền giành thắng lợi với 54% phiếu bầu.